המקדש הנוסף שפעל לצד בית המקדש בירושלים: מקדש חוניו

במקביל לבית המקדש בירושלים פעל במחצית השנייה של תקופת בית שני בית מקדש נוסף במצרים. מדובר במקדש חוניו. המקדש היה שייך לקהילה היהודית במצרים, שהייתה עשירה וגדולה מבחינה מספרית. הקהילה התפרסמה במיוחד בשל תרגום השבעים (תרגום התנ"ך ליוונית), בנוסף פעלו בה אנשי רוח יהודים חשובים כמו פילון האלכסנדרוני. בין השנים 170-154 לפני הספירה הוקם בלאונטופוליס שבמצרים מקדש חוניו.

המקדש הוקם על ידי חוני הכהן הגדול, בן לשושלת מפוארת של כוהנים. חוניו השלישי מקימו של המקדש נמלט למצרים בשל רדיפות של השלטונות  במצרים הוא ביקש מהשליט תלמי השישי, פילומטור ורעייתו המלכה קליאופטרה, ובקש מהם אדמות להתיישב עם אנשיו.תלמי שנא את השלטון שבארץ ישראל ולכן הסכים להקצות לו שטח להקים את המקדש. המקדש פעל לפי כל ההלכות שהיו נהוגות בבית המקש בירושלים, ושמש כמוקד עלייה לרגל עבור יהודי, מצרים, לצד בית המקדש בירושלים.

לפי המקורות ההבדל היחידי בין המקדש היה המנורה, מה שמעיד על האושר העצום שהיה בתוך המקדש. שלוש שנים אחרי החרבת בית המקדש בירושלים ציווה הקיסר הרומי אספסיאנוס להחריב גם את מקדש חוניו, וכך נחרב המקום האחרון בו נעשתה עבודת הכהנים בדרך המסורתית.